各企事业单位、高等院校及科研院所:
当前,我国临床医学数据资源丰富,但很多医学数据资源并未充分利用,医学数据资源也未能充分解读,造成医院医学数据资源利用率低。然而,一系列问题基础诸问题对于广大医务工作者来说,是影响其进一步学习和科研应用的瓶颈。
没有实验怎么发表论文?
手头有很多数据,不知道该怎么进一步挖掘?
如何找靶点?
不精通挖掘GEO、TCGA等数据库怎么办?
怎样才能做出高大上的医学图表?
本次培训通过临床科研思路设计、医学统计分析和生物信息学在医学领域的应用培训,提高医生的科研设计及数据分析能力,提升医学资源利用率。
一、培训目标:
1,短、平、快,为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼;
2,掌握多组学数据分析核心技能,GEO、TCGA、SRA数据处理没有压力;
3,科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制;
4,一套数据多角度演练,更易掌握分析思路。
二、主讲专家:
来自重点高校及科研单位等医学生物信息学学科带头人、擅长各类型医学数据统计分析、生物医学大数据挖掘及生物信息学分析。发表数十篇篇专业领域内学术论文,近年发表专业领域SCI论文10余篇,主编或参与编写多部著作。参与多家三甲医院临床生物信息学的研究合作,科研及授课经验很丰富。
三、培训时间:
2024年10月25日-2024年10月28日 远程在线培训
(第一天数据及操作软件调试,共授课三天)
四、参加对象:
1. 从事生物医学研究的临床医生、转化研究科研人员;
2.课题经费不足,无法进行大规模测序,但需要发表SCI论文的相关研究人员;
3.已获得转录组、基因组等多组学数据,需要进一步挖掘分析人员;
4.对生物医学大数据分析与挖掘感兴趣的其他人员。
五、课程大纲
一、公共数据库挖掘热点介绍 | 1、疾病诊断biomarker鉴定 2、疾病预后biomarker鉴定 3、可变剪切与预后相关分析 4、肿瘤免疫分析 5、多组学泛癌症分析 6、人工智能研究在病理切片识别上的应用 7、人工智能多组学数据整合分析 |
二、常用生物医学数据库介绍 | 1、用生物医学数据库介绍: 1)大型综合数据库:NCBI、UCSC 2)公共高通量测序数据库:SRA 3)公共基因表达谱数据库:GEO 4)公共癌症多组学数据库:TCGA 2、各大数据库数据下载 |
三、R语言基础 (上机操作及案例分析) | 1、R语言简介 2、R语言安装及配置 3、R语言数据结构 4、R语言数据处理 5、R语言绘图 |
四、基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(一) | 1、差异表达分析及结果可视化: 1)edgeR包使用 2)火山图绘制 3)聚类热图绘制 2、GO、KEGG功能富集分析及结果可视化: 1)GO富集分析 2)KEGG富集分析 3)富集分析气泡图绘制 |
五、基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(二) | 1、利用string数据库查询基因/蛋白相互作用 2、利用cytoscape工具构建相互作用网络 3、网络拓扑结构分析、关键基因识别 |
六、基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(三) | 预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制: 1)利用R包进行单因素及多因素预后分析 2)生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析 3)RISK score计算及结果可视化 |
七、多组学数据联合分析演练(一) | 甲基化与转录组整合分析思路演练 1)甲基化数据预处理 2)差异甲基化位点及区域识别 3)甲基化与转录组数据联合分析 4)公共表观数据库:ENCODE、regulomeDB |
八、多组学数据联合分析演练(二) | lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 1)lncRNA表达谱数据获取 2)miRNA靶基因分析 3)lncRNA与mRNA表达相关性分析 4)ceRNA网络构建及结果可视化 |
九、辅助课程 | 1.学后交流、微信群、QQ群建立; 2.咨询、合作。专业技术团队深入探讨。 |
六、培训费用:
A类,每人3900元(含培训费、教材费、证书费、资料费)
B类,每人4580元(含培训费、教材费、证书费、资料费)
(注:可转账、公务卡扫码支付。正规会议通知、发票。)
七、联系方式:
联系人: 毛泽璇(老师)
手机(微信同号):13311241619
电话:010-56129268